Nasceu em Lystra na Lycaenia, filho de um grego gentio e de Eunice, uma judia convertida ao cristianismo. Eunice e sua avó materna Lois abraçaram o cristianismo durante a primeira visita de São Paulo (2 Timoteo1:5) a Lycaenia. Quando São Paulo pregou, sete anos mais tarde em Lystra, Timóteo substituiu Barnabé (Barnabas-Atos16L1-4) Os dois se tornaram muito amigos e São Paulo o descrevia afetivamente como “ meu amado irmão na fé”.
Como Timóteo era filho de uma mulher judia, São Paulo permitiu que ele fosse circuncidado para satisfazer aos judeus (Atos 17:10-14). Timóteo acompanhou Paulo em sua segunda viagem missionaria. Quando a oposição aos judeus compeliu Paulo a deixar Beroeva, Timóteo ficou para batizar, organizar e confirmar os convertidos a nova fé.(Atos 17:10-14). Ele então foi enviado para Thessalonica para investigar o como estavam os cristãos por lá e reforçar a fé deles diante das perseguições. Seus relatórios foram a base da primeira carta de Paulo aos Tessalonicenses ( reconhecido como um dos primeiros escritos do Novo Testamento). Em 58 Timóteo e Erastus foram para Corintho para reforçar os ensinamentos de Paulo. Depois eles acompanharam Paulo a Macedonia e Achaia.
É provável que Timóteo estava com Paulo quando este foi preso na Cesarea e com certeza de novo em Roma (onde ele esteve preso por algum tempo).
Os eventos descritos pelo historiador Eusébio é que Timóteo foi para Efesus e tornou-se seu primeiro Bispo (alguns escolares bíblicos dizem que ele foi consagrado por Paulo) e lá ficou até ser morto a pedradas e pauladas após ter denunciado a festa pagã no festival de Katagogia, uma celebração em honra ao deus Dionysius (e não a deusa Diana, como erroneamente é dito).
Paulo escreveu duas cartas para Timóteo: uma da Macedônia cerca de 65 e outra enquanto Paulo estava encarcerado em Roma aguardando sua morte.
Elas orientavam Timóteo no sentido corrigir inovadores e professores de falsas doutrinas e ainda concedeu a Timóteo poderes para consagrar Bispos e Diáconos. Timóteo tinha grande dedicação a Paulo e sempre o descrevia com admiração e respeito.
As relíquias de São Timóteo foram trasladadas para Constantinopla em 356 e curas milagrosas foram reportadas em seu Santuário e confirmadas por São Jerônimo e São João Crisóstomo.
Na arte litúrgica da Igreja ele é mostrado como um bispo com um bordão e uma pedra ou 2) é mostrado recebendo uma Epístola de São Paulo ou 3) sendo apedrejado até a morte.
Ele é invocado como protetor de problemas estomacais devido ao fato de que Paulo em uma de sua cartas a Timóteo diz:
“Não bebas mais água só, mas usa um pouco de vinho, por causa do teu estômago e das tuas freqüentes enfermidades”.
Sua festa é celebrada no dia 26 de janeiro.