El Gobierno General de la Comunidad Católica Shalom es ejercido por el moderador ayudado por el Consejo General, elegido en asamblea. Según los Estatutos, el moderador general tiene la misión de “ser un instrumento de la Paternidad Divina y del espíritu de familia y unidad en el interior de la Comunidad”.
El tiempo actual es considerado período de fundación de la Comunidad, teniendo en cuenta que el fundador, Moysés Azevedo, está vivo. Así, hasta la muerte o la renuncia, él ejerce la moderación general.
El moderador y el Consejo General son asistidos por las asistencias en la conducción de la Comunidad. Son ellas: Asistencia General, Asistencia Apostólica, Asistencia Misionera, Asistencia Internacional, Formación General y Economato. Las asesorías también son estructuras de administración. La misión de animar la vida de la Comunidad en dimensiones distintas y de ejecutar las directrices del Gobierno General corresponde a las siguientes asesorías: Promoción Humana, Asesoría Comunitaria, Asesoría Litúrgico-Sacramental, Asesoría Vocacional.